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Después de largas negociaciones, el 28 de noviembre de 2016, Jémez firma con Cruz Azul por un año.​ Pese a no calificar a la fase final del Apertura 2016 y Clausura 2017, al frente del equipo mexicano ganó dos títulos amistosos: la Copa Socio MX, contra Club Universidad Nacional; así como la Copa Tecate frente a Fútbol Club Oporto de la liga portuguesa, ambas en tanda de penaltis. Finalmente, pudo clasificar al equipo la fase final del Torneo Apertura 2017 después de que no haberlo logrado los 3 años anteriores. El 27 de noviembre de 2017, rescindió su contrato con el club mexicano, tras ser eliminado por el Club America en Cuartos de Final.

Francisco Jémez Martín (Las Palmas de Gran Canaria, Provincia de Las Palmas, España, 18 de abril de 1970), conocido como Paco Jémez, es un ex futbolista internacional. Actualmente se encuentra sin equipo tras rescindirse su contrato con el Cruz Azul de la Primera División de México.